Dende os inicios do IEM a Sección de Arqueoloxía, coordinada polos arqueólogos Eduardo Méndez Quintas, especialista en Paleolítico, e Xosé Lois Vilar, especialista en Arte Rupestre, desenvolve unha intensa actividade no Val Miñor e alén da bisbarra. Ademais das pescudas en xacementos arqueolóxicos, a sección realiza intervencións na conservación e musealización do patrimonio prehistórico en convenio con concellos, comunidades de montes e outras asociacións e institucións. Conxuntamente con estas actuacións, en convenio con institutos forenses o baixo solicitude do Poder Xudicial realiza traballos de exhumacións nas fosas comúns da represión franquista en todo o territorio galego. Os informes destas actividades atópanse na colección das Revistas do IEM, así como en diversas publicacións editadas pola institución. A partir do ano 2009, estase a dixitalizar parte deste material así como a inserir artigos informativos e documentación neste portal.
Cando en 1869 o biólogo alemán Ernst Haeckel (1834 - 1919) acuñou e término "ecoloxía", definiuno cómo o "estudo da interdependencia e da interaccion entre os organismo vivos e o seu ambiente", o que reflicte con claridade que desa interdependencia e interaccion resulta unha unidade, un todo en harmonía e equilibrio. Estamos a transformar o medio que nos rodea sen darnos conta que nos estamos transformando a nós mesmos. O IEM, dende a sua fundación, acadou o compromiso de afondar no coñecemento das interdependencias e interaccións que rexen a nosa Natureza ecolóxica, protexer e conservar os valores ecolóxicos que nos han de conservar a nos mesmos, e difundilos, nunha sociedade cada vez mais desvencellada da sua ecoloxia.
O termo patrimonio enxerga unha amplitude conceptual que de ningún xeito pretende nin sequera aproximar esta sección. Vexamos. Dende que no Alto Medievo o reino suevo alumeou o xermolo da parroquia xa non existiu en Galicia outra unidade base de organización social e territorial, principalmente para as xentes do rural. Xentes que dende sempre tiveron necesidade de topar solución a dous tipos de inquedanzas: as referidas ao mundo físico e aquelas que atinxen ás emocións, ao mundo intanxible. Para as primeiras, o campesiñado e a xente do mar, dende a parroquia, tentou domar o territorio, ideou unha serie de obras e infraestruturas co fin de acadar unha adecuada ordenación territorial ao tempo que utilizou o enxeño para crear toda unha familia de artefactos arquitectónicos, presididos pola casa vernácula, e así satisfacer as necesidades de acubillo e traballo. Para as segundas, nun ancestral contexto de medo ao descoñecido e ao alén, filtrado por ritos e costumes parcialmente cristianizados, idea unha outra familia de arquitecturas simbólicas presididas pola igrexa parroquial ou matriz. Todo este corpus de intervencións arquitectónicas anónimas e de autor, incluso a escultura e pintura aplicada que puidese existir, é o que se coñece como patrimonio construído. Este é o cerne da sección.
