Dende os inicios do IEM a Sección de Arqueoloxía, coordinada polos arqueólogos Eduardo Méndez Quintas, especialista en Paleolítico, e Xosé Lois Vilar, especialista en Arte Rupestre, desenvolve unha intensa actividade no Val Miñor e alén da bisbarra. Ademais das pescudas en xacementos arqueolóxicos, a sección realiza intervencións na conservación e musealización do patrimonio prehistórico en convenio con concellos, comunidades de montes e outras asociacións e institucións. Conxuntamente con estas actuacións, en convenio con institutos forenses o baixo solicitude do Poder Xudicial realiza traballos de exhumacións nas fosas comúns da represión franquista en todo o territorio galego. Os informes destas actividades atópanse na colección das Revistas do IEM, así como en diversas publicacións editadas pola institución. A partir do ano 2009, estase a dixitalizar parte deste material así como a inserir artigos informativos e documentación neste portal.